Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk  Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego
Projekt FUGA_Zbigniew Warkocki

Eucaryotic RNA decay and processingProjekt FUGA_Zbigniew Warkocki

Tytuł projektu: Potranskrypcyjna regulacja ekspresji RNA u Eukaryotów przy udziale cytoplazmatycznych UTP-transferaz
Numer projektu: UMO-2012/04/S/NZ1/00036
Kierownik projektu: dr Zbigniew Warkocki
Data rozpoczęcia projektu: 2012-10-01
Data zakończenia projektu: 2015-09-30
Instytucja finansująca: Narodowe Centrum Nauki
Nazwa programu: FUGA; edycja 1
Środki finansowe (PLN): 612 000,00
Słowa kluczowe: metabolizm RNA, UTP-transferazy, sekwencjonowanie NGS, spektrometria mas

Stan obecnej wiedzy i cel prowadzonych badań:

Wyrażenie informacji genetycznej zawartej w genomowym DNA zachodzi poprzez jej przepisanie na krótkotrwały nośnik tej informacji jakim jest RNA. Wśród RNA obecne są cząsteczki posiadające aktywność katalityczną lub strukturalną oraz cząsteczki mRNA, będące matrycą w procesie powstawania wszystkich białek danego organizmu. Cząsteczki mRNA podlegają różnym chemicznym modyfikacjom, wśród których najlepiej poznane i najbardziej powszechne są dołączenie struktury ochronnej na końcu 5’ (nazywanej kapem lub czapeczką) i kilkudziesięciu adenin (tzw. ogona poli(A) na końcu 3’). Modyfikacje te mają na celu zapewnienie mRNA odporności na degradację przez komórkowe enzymy odpowiedzialne za usuwanie RNA oraz umożliwienie wydajnej produkcji białek na matrycy tych mRNA.

W ostatniej dekadzie odkryto mechanizmy wpływające na metabolizm mRNA oraz innych RNA poprzez dodanie niekodowanych w genomie nukleotydów na końcach 3’ RNA. Najpowszechniejszą modyfikacją jest dodanie niekodowanych reszt urydynowych – urydylacja. Reakcja ta w komórkach ludzkich katalizowana jest przez dwa białka o aktywności UTP-transferazy nazywane Zcchc6 i Zcchc11. Obecność kilku urydyn na końcach 3’ RNA obniża ich stabilność, wzmagając ich degradację przez komórkową maszynerię odpowiedzialną za usuwanie niepotrzebnych, wadliwych i potencjalnie szkodliwych RNA.

Celem prowadzonym przeze mnie badań jest sprawdzenie czy UTP-transferazy wykazują specyficzną aktywność względem pewnych RNA oraz czy w aktywności tej dopomagają im inne białka.

Poster zaprezentowany na konferencji „Eucaryotic mRNA processing” w 2015r.

Poster zaprezentowany na konferencji Complex Life of mRNA w Heidelbergu.

Poster zaprezentowany na konferencji RNAtion w Poznaniu.

Publikacje:

Perlman syndrome nuclease DIS3L2 controls cytoplasmic non-coding RNAs and provides surveillance pathway for maturing snRNAs.
Łabno A, Warkocki Z, Kuliński T, Krawczyk PS, Bijata K, Tomecki R, Dziembowski A.
Nucleic Acids Res. 2016 Jul 18. pii: gkw649.

The G-patch protein Spp2 couples the spliceosome-stimulated ATPase activity of the DEAH-box protein Prp2 to catalytic activation of the spliceosome.
Warkocki Z, Schneider C, Mozaffari-Jovin S, Schmitzová J, Höbartner C, Fabrizio P, Lührmann R.
Genes Dev. 2015 Jan 1;29(1):94-107. doi: 10.1101/gad.253070.114.